柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
劳拉·贝莉 海利·乔·奥斯蒙 威尔·弗里德尔 詹姆斯·C·马西斯三世 连姆·奥布赖恩 劳拉·波斯特 史蒂夫·布卢姆 特雷弗·德瓦 邦坡尔·罗宾逊 罗杰·克莱格·史密斯 弗雷德·塔特西奥 特拉维斯·威林厄姆 米克·温格特
特罗伊·贝克 布莱恩·T·德莱尼 克里斯·迪亚曼托普洛斯 Alastair Duncan 理查德·埃帕卡 诺尔·费舍 威尔·弗里德尔 尤里·洛文塔尔 戴夫·B·米谢尔 卡里·佩顿 罗杰·克莱格·史密斯 弗雷德·塔特西奥 Amanda Troop 卡瑞·伍尔
田中真弓 冈村明美 中井和哉 山口胜平 平田广明 大谷育江 山口由里子 矢尾一树 长岛雄一 中尾隆圣 银河万丈 水田山葵 土井美加 京田尚子 中友子 高户靖广 青野武 竹本英史 沼田祐介 高冢正也 西胁保 平井启二 藤本隆弘 织田优成 松原大典 福原耕平 宫坂俊藏 宫崎宽务 石黑千寻 台奈津树 藤堂真衣 富冈美沙子 中川智美 砥出惠太 桥爪知久 赤羽根健治 中博史 石森达幸 山崎和佳奈 北岛康介 皆藤爱子 竹中直人
田中真弓 冈村明美 中井和哉 山口胜平 平田广明 大谷育江 山口由里子 矢尾一树 长岛雄一 草尾毅 竹本英史 福原耕平 藤本隆弘 增田隆之 平井启二 松原大典 池田秀一 山口智充
松本梨香 大谷育江 梶裕贵 伊濑茉莉也 牧口真幸 林原惠美 三木真一郎 犬山犬子 佐藤惠 生天目仁美 下屋则子 赤崎千夏 古岛清孝 钉宫理惠 森川智之 竹内顺子 佐仓绫音 佐藤健辅 石冢运升 藤原龙也 山寺宏一 中川翔子 篠原信一